Biomasse microbienne moléculaire
Les microorganismes (bactéries et champignons) sont les plus abondants et les plus diversifiés au sein de la biodiversité des sols. La biomasse microbienne moléculaire permet de mesurer l’abondance des microorganismes dans le sol, à partir de l’ADN total microbien.
Norme
NF EN ISO 11063 : Qualité du sol - Extraction directe de l’ADN du sol
Échantillonnage et logistique
Analyse sur sol frais.
Description de la méthode de mesure
L’ADN total des microorganismes est extrait par lyse chimique et physique, puis quantifié par différentes méthodes (électrophorèse sur gel d’agarose, fluorimétrie ou photométrie). La biomasse microbienne moléculaire est alors estimée à partir de cette quantité d’ADN
Exemple de gammes de variation
| Situation | Min | Max | Médiane |
|---|---|---|---|
| Grandes cultures (885 observations) | 2 µg d’ADN/g de sol | 306 µg d’ADN/g de sol | 32 µg d’ADN/g de sol |
| Prairies (536 observations) | 2 µg d’ADN/g de sol | 455 µg d’ADN/g de sol | 65 µg d’ADN/g de sol |
| Vignes et vergers (42 observations) | 2 µg d’ADN/g de sol | 249 µg d’ADN/g de sol | 14 µg d’ADN/g de sol |
| Forêts (584 observations) | 2 µg d’ADN/g de sol | 629 µg d’ADN/g de sol | 53 µg d’ADN/g de sol |
Source : réseau de Mesure de la Qualité des Sols (RMQS, GIS-SOL, 2011), prélèvement sur 0-30 cm
Interprétation
Cet indicateur renseigne sur l’abondance de microorganismes. Il peut être interprété en comparaison relative (comparaison entre deux pratiques ou dans le temps).
Il est à interpréter en fonction de certains paramètres physico-chimiques du sol, notamment texture, pH et teneur en carbone organique.
Une valeur de référence peut être calculée à partir des caractéristiques de sol (argile, pH, MO) et de l’altitude de la parcelle.
Avantages et limites
Avantage
- Méthode robuste et bien référencée
Limites
- La procédure d’extraction peut différer selon les laboratoires, il est recommandé de solliciter le même laboratoire pour suivre une évolution.
- Cette mesure ne présage pas de l’activité des microorganismes
- 50-100€
Sources
- Balloy B. et al., (2017). Tour d’horizon des indicateurs relatifs à l’état organique et biologique des sols. https://agriculture.gouv.fr/tour-dhorizon-des-indicateurs-relatifs-letat-organique-et-biologique-des-sols
- Gis Sol. 2011. L’état des sols de France. Groupement d’intérêt scientifique sur les sols, 188 p.
- Karimi et al., 2018 – Atlas français des bactéries du sol. Biotope, Mèze, Muséum national d’Histoire naturelle, Paris, 192 p.
- RMT Bouclage. 2025. Indicateurs de fonctionnement biologique des sols agricoles. [18/11/2025]. https://www.rmt-fertilisationetenvironnement.org/moodle/pluginfile.php/5041/mod_resource/content/3/Recueil%20indicateurs%20de%20fonctionnement%20biologique%20des%20sols%20agricoles_vf251009.pdf
- Terrat et al.. Meta-barcoded evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure to characterize soil bacterial and fungal community diversity and composition. Microbial Biotechnology, 2015, 8 (1), pp.131-142.
