Ateliers sur la Mycorhization - En Laboratoire - 4/4
4/4 - Ateliers sur la Mycorhization - En Laboratoire
Aujourd'hui, ultime partie des ateliers d'une formation réalisée en partenariat avec Maraîchage Sol Vivant par Marc-André Sélosse et Léonardo CASIERI. Nous parlerons du système de la mycorhization, un procédé plus qu'utile pour la gestion de nos sols vivants !
- La Mycorhization - Les Mycorhizes - 1/10 (17 min)
- La Mycorhization - L'Ectomycorhize - 2/10 (12 min)
- La Mycorhization - L'Endomycorhize à arbuscule - 3/10 (30 min)
- La Mycorhization - Les Endomycorhizes à Pelotons - 4/10 (19 min)
- La Mycorhization - De la Protection - 5/10 (20 min)
- La Mycorhization - Variantes Nutritionnelles - 6/10 (25 min)
- La Mycorhization - Aspect Evolutif - 7/10 (32 min)
- La Mycorhization - Applications - 8/10 (23 min)
- La Mycorhization - Maintenir l'Equilibre Mutualiste - 9/10 (28 min)
- La Mycorhization - Un Réseau d'Interaction - 10/10 (31 min)
- Ateliers sur la Mycorhization - En Forêt - 1/4 (34 min)
- Ateliers sur la Mycorhization - Dans une Prairie - 2/4 (20 min)
- Ateliers sur la Mycorhization - Dans une Prairie (suite) - 3/4 (25 min)
- Ateliers sur la Mycorhization - En Laboratoire - 4/4 (11 min)
- La Mycorhization - Introduction - 1/5 (25 min)
- La Mycorhization - Importance de la Diversité Biologique - 2/5 (25 min)
- La Mycorhization - Réflexions - 3/5 (29 min)
- La Mycorhization - Avantages - 4/5 (36 min)
- La Mycorhization - Cas d'Etudes - 5/5 (25 min)
Tamisage des sols pour récupérer les spores
En pratique, l’atelier montre comment récupérer, à partir d’un échantillon de sol, des spores de champignons mycorhiziens.
L’idée est simple : il faut d’abord éviter de casser les structures du sol, puis tamiser progressivement. Pour cela, une colonne de tamis est utilisée, classée du plus petit au plus grand. Les mailles mentionnées sont notamment :
- 63 microns
- 100 microns
- 160 microns
- 250 microns
Ce tamisage permet de récupérer une fraction où l’on a des chances de trouver des spores de champignons mycorhiziens. Il est toutefois précisé qu’il ne faut pas croire que tout ce qui a cette taille et cette forme dans le sol est forcément une spore mycorhizienne : dans cette fraction, on trouve aussi d’autres particules.
Après tamisage, le contenu retenu sur certains tamis est récupéré séparément, en particulier sur les tamis de 63, 100 et 160 microns. En dessous, autour de 50 microns, il est indiqué qu’il y a surtout des débris végétaux et de petits cailloux, même si l’on peut déjà parfois y voir quelques spores.
Observation au microscope
Les fractions récupérées sont ensuite observées au microscope. Il est signalé que l’éclairage n’est pas idéal pour mettre correctement les spores en valeur, et que le réglage des microscopes peut être un peu difficile. Malgré cela, on peut déjà distinguer ce qu’il y a dans les préparations.
Un point important est rappelé pendant l’observation :
- si l’on ne trouve pas de spores au fond de la préparation, ce n’est pas forcément qu’il n’y en a pas ;
- comme il reste un peu d’eau, certaines spores ont pu récupérer un peu d’air et commencer à flotter ;
- dans ce cas, il faut aussi regarder à la surface de l’eau.
Cela permet d’avoir une idée plus précise de la quantité de champignons présents dans l’échantillon.
Réhydratation et séparation des particules du sol
Le protocole montré passe aussi par une étape de réhydratation du sol. Le but est de séparer les particules, puis de les faire passer doucement à travers les tamis sans trop agiter, afin de ne pas casser les spores ni les autres structures intéressantes.
Il est rappelé que le sol contient beaucoup d’éléments autres que les spores : du sable, des particules minérales, des débris organiques. En surface, on peut aussi trouver des spores déjà vides ou mortes. Autrement dit, ce qui est récupéré n’est pas un matériel pur, et l’observation doit rester prudente.
Il est aussi précisé qu’une fois la colonne de tamis mise en place, il ne faut pas la bouger inutilement. L’idée est de laisser les éléments se répartir correctement et de travailler proprement.
Ce que l’on observe dans les tamis
Dans les résidus récupérés, on peut voir différentes structures :
- des spores de champignons mycorhiziens ;
- des débris végétaux ;
- des petits cailloux ;
- des fragments de racines ;
- parfois des structures fongiques ou des restes de spores.
L’intervenant attire l’attention sur le fait qu’il n’est pas toujours simple de reconnaître immédiatement ce que l’on voit. Certaines formes peuvent ressembler à des spores sans en être. Il faut donc comparer, observer la taille, la forme, la couleur et l’aspect de la paroi.
À certains moments, des structures plus nettes sont signalées à l’écran, avec l’idée que certaines spores apparaissent mieux une fois l’observation bien réglée, ou selon la position dans la goutte.
Rhizomorphes, hyphes et déplacement des champignons
Au cours de l’atelier, il est aussi question de structures fongiques filamenteuses, notamment de rhizomorphes ou d’agrégats d’hyphes.
Il est rappelé qu’on dit souvent qu’un champignon est « un organisme dans un tube » : il fabrique à une extrémité, évacue ou remanie à l’autre, et le tube s’allonge. Le champignon se déplace donc non pas par mouvement comme un animal, mais par croissance. Son « déplacement », c’est sa croissance.
Cette remarque sert à mieux comprendre les structures visibles dans les échantillons et la façon dont les champignons colonisent le sol et les racines.
Recherche de mycorhizes sur les racines
Au-delà des spores, l’atelier montre aussi comment rechercher directement des mycorhizes sur les racines.
Un indice visuel est donné : une extrémité de racine un peu renflée peut indiquer la présence d’un champignon dessus. L’aspect peut évoquer une sorte de petite pointe plus épaisse que la racine elle-même.
Cela ne remplace pas une observation microscopique, mais peut orienter le regard vers des zones potentiellement mycorhizées.
Différence entre endomycorhizes et ectomycorhizes
Il est expliqué que l’objectif principal ici est surtout de montrer de plus près les spores d’endomycorhiziens et d’ectomycorhizes.
Pour les ectomycorhizes, il est indiqué qu’il existe d’autres protocoles, et que des articles complémentaires seront disponibles. L’atelier présenté se concentre donc surtout sur quelques approches de laboratoire directement observables.
Coloration des mycorhizes dans les racines
Une autre partie importante de l’atelier concerne la coloration des mycorhizes dans les racines.
Le principe est le suivant :
- les racines mycorhizées sont préparées pour devenir plus transparentes ;
- pour cela, on les chauffe dans la potasse ;
- la racine se décolore et devient plus lisible ;
- on ajoute ensuite un colorant qui marque les structures.
Le colorant mentionné est du bleu. Cette coloration permet de voir ce qui reste après clarification, en particulier :
- les parois ;
- les arbuscules ;
- les vésicules ;
- d’autres éléments fongiques présents dans les racines.
Il est précisé que, contrairement à d’autres cas évoqués brièvement pendant l’atelier, ici il faut bien décolorer avant de colorer.
Exemple de racines de tomate colorées
Des racines de tomate préparées à l’avance sont montrées. La préparation a demandé du temps, et il est proposé d’en observer quelques montages au microscope.
Dans ces racines colorées, il faut chercher :
- des filaments ;
- des vésicules ;
- éventuellement d’autres structures fongiques internes.
Le colorant fixe préférentiellement certains tissus fongiques des champignons mycorhiziens. C’est ce qui donne un contraste intéressant entre :
- les parois de la racine ;
- les parois du champignon.
Un exemple est signalé où l’on voit bien, en bleu, le champignon mycorhizien à l’intérieur de la racine.
Colorants utilisés
Il est aussi rappelé que, pour colorer les parois végétales, on peut utiliser d’autres colorants. En revanche, ici, le but est bien de faire ressortir les structures fongiques mycorhiziennes, et non de colorer indistinctement toute la racine.
Cette distinction est importante, car selon le colorant choisi, on ne met pas en valeur les mêmes structures.
Conclusion de l’atelier
Cet atelier de laboratoire montre donc deux grands types d’approches complémentaires :
- récupérer et observer des spores présentes dans le sol par tamisage ;
- observer directement la colonisation mycorhizienne dans les racines après clarification et coloration.
Il insiste aussi sur plusieurs précautions :
- toutes les particules récupérées dans le sol ne sont pas des spores ;
- certaines spores peuvent flotter et ne pas se trouver au fond de la préparation ;
- l’observation microscopique demande de la patience ;
- l’identification repose sur la comparaison de plusieurs critères.
L’ensemble permet de mieux comprendre, de façon très concrète, comment on met en évidence les champignons mycorhiziens en laboratoire.
